Không ít người thường nhầm lẫn giữa hai khái niệm Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh và Giấy phép kinh doanh. Bản chất Giấy chứng nhận Đăng ký kinh doanh là việc cá nhân, tổ chức thực hiện thủ tục đăng ký (Khoản 15, Điều 4 Luật Doanh nghiệp 2020), là giấy chứng nhận của cơ quan hành chính công Nhà nước; là nghĩa vụ của Nhà nước bảo hộ quyền sở hữu tên doanh nghiệp. Còn Giấy phép kinh doanh là cá nhân, tổ chức đi xin phép để có đủ điều kiện kinh doanh một số ngành nghề đặc biệt, là sự cho phép hoạt động của cơ quan quản lý Nhà nước; là quyền kinh doanh của công dân, còn gọi là cơ chế đề nghị – cấp.
Giấy phép kinh doanh gồm giấy phép, giấy chứng nhận đủ điều kiện, chứng nhận bảo hiểm trách nhiệm nghề nghiệp, văn bản xác nhận, các hình thức văn bản khác quy định các điều kiện mà cá nhân, tổ chức phải đáp ứng để thực hiện hoạt động đầu tư kinh doanh do cơ quan nhà nước, người có thẩm quyền cấp cho cá nhân, tổ chức đó theo quy định của pháp luật (Khoản 4, Điều 3, Nghị định 98/2020/NĐ-CP).
Hành vi vi phạm về hoạt động kinh doanh theo giấy phép kinh doanh được quy định tại Điều 6, Nghị định 98/2020/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 17/2022/NĐ-CP), trừ trường hợp đã được quy định tại nghị định quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong các lĩnh vực quản lý nhà nước khác như: Xăng dầu, khí, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, an toàn thực phẩm, dược, hóa chất, thuốc thú y…